کارخانه نوآوری مشهد میزبان بازیگران اصلی زیست بوم نوآوری و فعالیت‌های آنهاست. جایی برای جمع شدن منابعی مثل سرمایه گذاران خطرپذیر، شتابدهنده‌ها، فضای اشتراک کاری، تامین‌کنندگان خدمات و… . برای راه اندازی و توسعه کسب و کارها. اینجا مجموعه ای غیرانتفاعی‌منطقه ای است که برای کمک به فرهنگ پویایی و شکل گیری اجتماع نوآوری شکل گرفته است.
با پیگیری‌ها و تحقیقات شتاب‌دهنده فردوسی در سال 97، تفاهم‌نامه‌ای دو‌جانبه بین شهرداری مشهد و شتاب‌دهنده کسب و کار فردوسی برای راه‌اندازی اولین کارخانه نوآوری در مشهد بسته شد که با ورود و همکاری معاونت علمی ریاست‌جمهوری به تفاهم‌نامه‌ای سه‌جانبه تبدیل شد.
در همین راستا، شهرداری به عنوان طرف اول، مسئول تهیه زیرساخت ها مثل فضای مناسب، گرفتن مجوزهای لازم و تأمین بخشی از هزینه‌های ساخت و ساز مجموعه شد و شتاب‌دهنده فردوسی به عنوان طرف دوم این تفاهم‌نامه مسئولیت طراحی و پیاده سازی محتوایی، هم افزایی و کنار هم قرار دادن زیست بوم شرق کشور در کارخانه نوآوری و طراحی مدل‌ها و فرآیند‌های اجرایی این مجموعه را به عهده گرفت.
کارخانه نوآوری اکنون پس از گذشت بیش از یک سال از آغاز پروژه عمرانی، در آستانه بهره‌برداری خود قرار دارد.